全部集成一套書，名為《雲棲法彙》，計三十二冊。《自知錄》已如前述，乃是容受功過格的思想，將佛教的三世因果善惡報應的思想，和道教及儒教所說對於日常倫理生活之反省，啣接起來，而成為融通三教的東西。對於當時外來的耶穌教，則持反擊的態度，由於神宗的厚意處置，利瑪竇在北京建立了教堂，引起了極大的論爭，並將之斥為邪教。

紫柏真可（西元一五四三～一六〇三年），江蘇吳江人，就華嚴宗的辨融，取得心印，故與祩宏有同門之誼。根據《阿彌陀佛贊》及《無量壽佛贊》等，鼓吹念佛之行，發端於宦官專權的礦稅事件，而在萬曆後半期的政治上引起了重大問題，真可因此受了連坐，且被捲入有關冊立皇太子的妖書之禍，因而死於獄中。他以佛典的普及為興隆佛法的首要，所以致力於閱讀便利的方冊本《大藏經》之出版，他和憨山德清及密藏道開等人，先在五臺山，後來移至浙江徑山的寂照庵，完成此一刻藏大業，雖在真可死後，爾後所謂的嘉興藏或萬曆版，又稱為明本的《大藏經》者，便是由他發起而來的法寶。他的著述出版者，總名為《紫柏尊者全集》計三十卷，係由德清校輯而成；另有別集四卷，則由大儒錢謙益的編錄所成。

憨山德清（西元一五四六～一六二三年），也是出身於辨融、笑巖、