雲谷門下，後來，結草庵於廬山，專心念佛。他著有《法華經通義》七卷、《圓覺經直解》二卷、《肇論略註》六卷、《憨山大師夢遊集》五十五卷、《憨山語錄》二十卷等，乃係從禪宗、華嚴及念佛融會的立場，而作諸宗之調和的作品；又有《中庸直解》、《老子解》、《莊子內篇註》等，則為以佛教思想，解釋儒道典籍，試著提倡三教一致之說的作品。

蕅益智旭（西元一五九九～一六五五年），江蘇木瀆人，他的出世，大約比前面的三位大師，晚了五十年。他宗於天臺，承四明知禮之說，撰述有《教觀綱宗》、《大乘止觀釋要》，此外尚有《阿彌陀經要解》、《楞伽經義疏》、《占察經義疏》、《梵網經合註》、《閱藏知津》等，達四十部。他主張「禪為佛心，教為佛語，律為佛行，具備此三者，始為完全之佛教」，此即主張：禪教律的三學一源，結歸念佛一行，執持名號，以致念佛三昧。

他是發足於天臺，又宗於淨土，並提倡禪教律之融會實踐的新佛教者，他正是代表明代佛教之歸結的人物。他另作有《四書蕅益解》及《周易禪解》等書，乃為涉於儒教的作品，對於耶穌教的態度，也與祩宏相同，致力於積極的排擊運動，著有《天學初徵》及《天學再徵》。他也是中國佛教史上，最後的一位大思想家。