於明莊烈帝崇禎十五年（西元一六四二年）入藏，協助黃教領袖，廢除在後藏維持紅教的藏巴汗，平服了一切反對力量之後，固始汗留其一子駐藏，他又返回青海。自是，蒙古與西藏之間，非但在宗教上同一信仰，政治及地理上也有緊密的關係，且蒙古諸汗也均以黃教的保護者自居。

清朝在西藏主權之確立

西藏本為中華民族的一支，迄今的藏人也不以他們是印度人。但自唐朝開始與內地接觸交往，固不絕於史，西藏卻從未屬於主權中國的一環。直到滿清興起，先將內蒙置於其勢力之下，因此而得與固始汗往還及達賴喇嘛的入朝（清世祖順治九年，西元一六五二年）。且由於滿清皇帝對黃教之信仰及對達賴五世之優遇，曾使外蒙古亦因之內附。

及清聖祖康熙二十一年（西元一六八二年），第五世達賴圓寂，權臣第巴桑節，密不發喪，在十四年間，一面暗中聯絡西蒙古的準噶爾汗噶爾丹，一面對清廷拖延。當五世達賴已圓寂的消息傳出後，桑節便宣布第六世達賴亦已尋獲，名為羅卜藏仁清札陽嘉穆錯。於是，固始汗之孫拉藏汗以桑節作偽，故另立伊西嘉穆錯為六世達賴，並將桑節擒而殺之。如此一來又引來西蒙古準噶爾汗的干涉，而將拉藏汗襲殺，另立達賴六世，到了康熙五十九年（西元一七二〇年），始由清廷以大軍平定了此一亂事，以拉藏汗的舊臣康濟鼐及頗羅鼐二人，