分掌前後藏的政務。

清世宗雍正五年（西元一七二七年），又因前藏發生殺害康濟鼐的變亂，後藏的頗羅鼐在此事件中平亂有功，故被清廷封為「貝子」，總理前後藏事務。清廷大軍，於事平後兩個月始達西藏，因藉此次勝利，清廷便使不丹接受了中國的宗主權。嗣又因頗羅鼐之事，朱爾默特那木札勒謀變，而為駐藏大臣誘殺。從此清廷對西藏不再封賜汗王。

清高宗乾隆五十五至五十六年（西元一七九〇—一七九一年），廓爾喀(Gurka即今之尼泊爾）兩度犯藏，因藉此次勝利，清廷派大軍自青海入藏，直搗廓爾喀，結果也使尼泊爾接受了中國的宗主權。

清廷藉此大振軍威之時，遂於乾隆五十七年（西元一七九二年），對西藏的政治及宗教，做了本質性的變革和規定。自此使清廷的駐藏大臣權力增高，督辦藏中一切事務，得與達賴及班禪平等，達賴及班禪與皇帝間的來往，必須經由駐藏大臣轉奏，西藏對外關係如與尼泊爾、不丹、哲孟雄（錫金）之來往，俱由駐藏大臣主持。為使達賴、班禪等活佛轉世問題，不致發生蒙蔽及紛擾，故置「金奔巴瓶」於拉薩，呈報後以抽籤方式做決定。黃奮生著的《邊疆政教之研究》（商務版，八二—八三頁）將此時駐藏大臣的權職，