及明成祖即位（西元一四〇三年），喃加巴藏卜已圓寂，乃對西藏七位大喇嘛，皆封以「王」的尊號，例如封迦舉派大喇嘛為大寶法王西天大自在佛，另封大乘法王及大慈法王等。

終明之世，被封為法王者八人，授西天佛子者二人，尊為灌頂大國師者九人，灌頂國師者十八人。並制法王以下圓寂後，封號由其法嗣承襲，每年朝貢一次。

明初即有改革家宗喀巴的新甘丹派興起，但對明朝政府，影響無多，故受封為王的大喇嘛，多為各紅帽派僧侶。到了明神宗萬曆四年（西元一五七六年），受封於明室的順義王俺答汗，始迎第三世達賴至蒙古弘化，黃教的教化遂伸入大漠南北。

清朝與喇嘛教

由於第三世達賴，東來甘、青、綏、寧一帶說法，感化了青海和河套的蒙古部族，致使一生用兵的俺答汗，率先皈依了黃教，偃武信佛，從此而使元順帝退歸漠北後即告中絕的喇嘛教信仰，再度傳入了蒙古各部族。

因為清朝的西藏佛教與蒙古各部族，有很多關涉，故在此處先當介紹蒙古主要的各部在當時分布的狀況，現列一表說明如下：