以便重立新的達賴，以致世界輿論譁然，西藏與清廷的關係，遂趨惡化。及辛亥革命事起（西元一九一一年），十三世達賴從印返藏，一面宣布獨立，一面派兵進入川邊（今之西康省），直抵康定，企圖收復清廷邊疆大臣趙爾豐劃入中央領土的區域，排斥中朝，採取閉關政策。於是，駐藏大臣的制度中斷，北京政府所設駐藏辦事長官的新制度，也未能實施於西藏，達賴遂集前藏政教大權於一身。迄民國十三年（西元一九二四年），十三世達賴與第九世班禪意見不洽，班禪遂由青海到北平，班禪內向中朝，達賴便又恢復了前後藏統一的政教合一制。

當時的中央政府於民國十七年（西元一九二八年）北伐成功，故於民國十八年（西元一九二九年）派遣北平雍和宮喇嘛貢覺仲尼為慰問專員入藏，十三世達賴亦表歡迎，及貢覺仲尼返京，達賴即派其為西藏駐京總代表，加派楚臣丹增為副代表，在京設立辦事處，此為當時政府與西藏關係的初步恢復。到了民國二十八年（西元一九三九年），由於吳忠信入藏主持十四世達賴坐床大典之後，遂於次年在西藏設立駐藏辦事處，此一機構雖不能與清代的駐藏大臣衙門相提並論，但在雙方關係的增進上，卻極重要。

及抗日戰爭勝利，當時的國民政府還都南京，西藏特派一代表團到京慶祝；同年十二月二十五日，制憲的國民大會在南京開會，西藏亦派有十人代表出席。