清廷的駐藏大臣，則處於監督的地位。

正當第六世達賴鬧著廢立真偽之階段，藏中的精神領袖乃由第五世班禪擔任，受清廷之命，移駐前藏，並遙領後藏政教事務。康熙三十四年（西元一六九五年）班禪應召至北京，頗受清帝厚遇，並加以「額爾德尼」的封號。

乾隆四十四年（西元一七七九年），第六世班禪入京，由於乾隆帝亦皈依了班禪，親受教義，皇族大臣及妃嬪太監等亦都敬之如佛；且其由藏來京，沿途所受供養的財物亦極多。不幸竟於次年因患痘而圓寂於北京，他的俗兄仲巴呼圖克圖，遂奉其遺骸及鉅資西歸，因為未將財物分給他信奉紅教的俗弟舍瑪爾巴，乃誘廓爾喀（尼泊爾）人入藏，大掠札什倫布。清廷乃命福康安為大將軍，由青海入藏，大敗廓爾喀兵，藏地又歸平靜。但經此番平亂之後，清廷在藏的權力大增，將駐藏大臣權力升高，督辦一切藏中事務，一切治權，悉操於清廷之手，達賴、班禪只管宗教事宜，對於行政的權力甚微，所以政教乃告分離。此種形式，一直維持到清代末年。

清末以後的西藏政教

到了清末，因為清廷處理不當，趙爾豐激進謀邊，以改土歸流政策，迫使十三世達賴出亡印度，致為英人所攏，並求英人對抗清廷，清廷遂革除十三世達賴喇嘛名號，命駐藏大臣另外訪求靈童，