元武宗至大三年（西元一三一〇年），有西藏高僧法光至蒙古，為發思巴所造的蒙古新字加以增訂；又有中國及回鶻等地的佛學者，將西藏藏經譯出為蒙古文。嗣後歷仁宗、英宗、泰定帝、文宗、順帝，代代崇信西藏佛教。然到明太祖代興（西元一三六八年），元順帝退回他們的老家漠北之後，佛教信仰便在蒙古人之間一時中落，後經百數十年，始由黃教的輸入，蒙古佛教遂再度復興。

黃教的輸入

黃教傳到蒙古，主要是由於內蒙古鄂爾多斯部的阿爾坦汗（《明史稱為俺答汗》），最初入寇中原，後來歸服於明穆宗，受封為順義王，請得金字西藏藏經，又迎喇嘛，教化土民。但其最主要的關鍵，是在其從甥（表姪）徹辰鴻臺吉於征服西藏後，皈依了佛教，並帶了一位名叫巴克實的喇嘛回到蒙古。明神宗萬曆四年（西元一五七六年）謁見俺答汗，並勸其皈信喇嘛教，俺答汗深為嘉許。同時在萬曆元年（西元一五七三年）俺答汗攻克了哈拉杜爾伯特之際，俘虜藏人，即有阿里克喇嘛，勸他皈依佛教。於是於萬曆五年（西元一五七七年），派遣專使入藏，迎請第三世達賴喇嘛瑣朗嘉穆錯巡錫蒙古，贈「聖識一切瓦齊爾達賴喇嘛」之稱號，並在綏遠的歸化城，為達賴建立一寺。俺答汗一生征戰，從此偃武崇佛，努力文治，且依佛旨，禁止部眾殺戮。此為黃教盛行於漠南蒙古（內蒙）之始。