僧侶學成後，經過一定水準的考試，即由哲布尊丹巴授以學位。因此，庫倫既為外蒙政教中心，也是蒙古喇嘛教育的聖地，蒙古各地的僧侶，競相群集於此。據松筠《綏服紀略》載稱：「所謂庫倫者城圈也，該地有喇嘛木柵，故名庫倫。」

乾隆之初，哲布尊丹巴呼圖克圖來京，旅資加銀一萬兩，並賜於黃色圍牆。乾隆十九年（西元一七五四年），設商卓特巴，職司沙比納爾等俗事，稍後又設駐庫倫辦事大臣，對活佛權力稍加限制，並為防其勢力過大，命令應向西藏地區覓找其呼畢勒罕。嘉慶帝之對其第四世，道光帝之對其第五世，乃至咸豐帝，雖不及康熙帝之對其第一世，然亦均無顯著的抑損之跡。

到了清德宗光緒四年（西元一八七八年），情形即為之一變，庫倫的滿洲大臣志剛，廢除從來對哲布尊丹巴的三拜九叩禮，並令第八世哲布尊丹巴（西元一八七〇～一九二四年）對辦事大臣起立迎接，結果由蒙古辦事大臣之疏通而使志剛讓步。到光緒二十二年（西元一八九六年），滿洲駐庫倫的辦事大臣桂斌，