又要求哲布尊丹巴起立相迎。清末朝廷腐敗，對於佛教大為冷落，例如光緒三十四年（西元一九〇八年），川滇邊疆大臣趙爾豐，奉旨經略邊疆，以為必須破壞喇嘛教勢力，以致當時清兵撕毀經卷作為靴底；同年十三世達賴抵北京，覲見及賜宴等，必須行跪拜禮；趙爾豐於清溥儀宣統二年（西元一九一〇年）率兵進駐拉薩，逼達賴出亡印度，並革去達賴名號；即在同年，由於庫倫的德義勇木鋪被搶，辦事大臣三多的乘輿為喇嘛擲石，三多擬嚴罰，哲布尊丹巴欲面見三多，請求穩便了事，三多不允，竟責令賠償木鋪損失，並將犯人送理藩院罰辦，同時奏請將掌管俗務及主計的高級喇嘛革職。結果，清朝覆亡，外蒙古亦於民國元年（西元一九一二年）宣布獨立，哲布尊丹巴呼圖克圖於庫倫自稱皇帝，成立「大蒙古國」，年號「共戴」。

外蒙獨立與佛教

民國元年（西元一九一二年）以大總統令宣布，凡效忠民國翼贊共和的蒙古各札薩克王公，均屬於大局有功，悉照原有爵位晉升一級，如汗及親王等已無更高之爵位可晉，則封其一子或一孫。於是到民國四年（西元一九一五年）六月，外蒙古即取消獨立，北京政府遂遣使往庫倫，冊封哲布尊丹巴為「外蒙古博克多哲布尊丹呼圖克圖汗」，在獨立中經哲布尊丹巴晉封的王公爵位，北京政府也予以追認。在政治方面，仍由外蒙古政府自治，