故在此一階段的佛教事業極盛。

到了民國八年（西元一九一九年），哲布尊丹巴及外蒙古王公，自請北京政府撤銷自治，政府遂派徐樹錚為西北籌邊使，督辦外蒙古一切善後，繼任者為陳毅。至民國十年（西元一九二一年）二月，白俄恩琴巴龍，攻陷庫倫，挾持哲布尊丹巴為外蒙古君主，造成外蒙古不自主的第二次獨立。又由外蒙古國民黨人蘇愛巴圖爾，聲討恩琴，得蘇聯紅軍之助，於同年七月攻入庫倫，建立「蒙古國民政府」政權，仍以哲布尊丹巴為元首。

到民國十三年（西元一九二四年），第八世哲布尊丹巴突然示寂。外蒙遂在帝國主義者的主導之下，將政府改組為「蒙古人民共和國」，廢除政教合一制度，不許尋覓哲布尊丹巴的轉生，召開國民會議，制定憲法，改走社會主義的無產階級專政的路線。廢止汗、王公、臺吉、呼圖克圖、呼畢勒罕等的尊稱及特權；禁止喇嘛參加政治活動，十八歲以下的青年亦不得出家為僧。民國十七年（西元一九二八年），「蒙古人民革命黨」第七屆大會，決議沒收寺產，強迫僧侶返俗。民國二十年（一九三一年），開始對佛教改採溫和政策。

可是，外蒙古憲法第八十一條規定，人民有宗教信仰及反對宗教信仰的權利，致使蒙古人民請僧侶唪經者日少，信仰熱誠漸衰，自願出家者亦日減。