蓮華生的學承系統不明，據近人呂澂推測：「後世為之史傳者，因附會其辭，涉於荒誕，於蓮華生學說傳承，反無著錄；又蓮華生自身亦無著書表見。今以寂護特相援引之一點觀之，所持學說，或即中觀而兼密乘者，後人謂之中觀自立派（清辨系）是也。」（《西藏佛學原論》二三頁）
據各家的西藏佛教史，一般多以蓮華生大師為西藏古派密教的初祖。所謂古派，便是紅教的寧瑪派（Rñin-ma-pa），因為蓮華生自己集譯出有〈金剛緊行根本咒〉，他的弟子巴爾傑桑吉（Dpal-gyi-seṇ-ge），又為之開講〈空行母火燄熾盛咒〉。（參考望月氏《佛教大辭典》三六一三頁下）
但據呂澂的考察，卻說：「此說難信。蓋藏土密乘流布猶在此後，則以印度學者法稱、淨友、覺寂、覺密等相繼北來，廣譯密典，兼傳其學。……舊派密學，實自此始。」（《西藏佛學原論》二三頁）
神異事蹟
蓮華生既是一位神異卓著的大師，因此有關他顯示神通的記載很多，現在抄錄如下：
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當他初入藏境，在堆隆谷地方，大臣及許多人來迎接拜謁，因為該地缺水，蓮華生大師以杖拄地，地下便湧出了清泉。 -
一日蓮華生遊行某地，遇一厲鬼，獰惡無比，飛遣兩座高山，要將大師壓殺於山峽之間，師以神通飛越，超過山谷之上，並誦真言，將鬼制伏，不復為患。 -
又有一次在某地方，有一條龍，突然降臨，現極大身，飛雪雨雹，向師攻擊，大師一面囗誦〈六字大明咒〉，一面用手去接，龍身忽而縮小，落在大師掌中，掙扎良久，不能脫離，只得乞命皈依三寶，大師為他咒願之後，龍復本身而去，從此以後，該地再無雪雹之災。 -
又有一次，遇到一鬼，以種種輪杵等的兵器，挾著陣陣的大雪，打擲大師，師乃作法，化積雪為一湖，鬼失託足之所，便落湖中，還想竭力逃脫，師又使湖水沸騰，厲鬼的骨肉因此糜爛不堪，但他尚要逃遁，大師又用金剛杵擊傷鬼眼，鬼乃皈命哀求，師為說法之後，才放他向空而去。 -
另有一個幽靈，欲害大師，化為大白犛牛，引誘大師乘坐其上。大師自然知道，故當牛怪正要害師之時，師已飄然昇空。牛怪卻如繩綑索縛般地動彈不得了，良久始化為白衣少年，乞命皈依。大師即用梵音為之說法，令其歡喜而去。
類此的傳說，很多很多，這在宗教經驗上說，也是不容置疑的現象，