他於唐高祖武德六年（西元六二三年），以七十五歲的高齡示寂，葬於終南山至相寺。他的著述，除了申述其一宗要義的《三論玄義》之外，尚有《中論疏》、《百論疏》、《十二門論疏》，以及關於《華嚴經》、《大品經》、《法華經》、《無量壽經》、《涅槃經》等經典的註釋書，凡二十餘部。三論宗在其寂後，雖仍盛行於長安，然在稍後，由於玄奘帶回唯識論書，予以傳譯與研究之盛行，三論宗遂趨於衰頹。不過，對日本而言，由於吉藏門下的高麗僧慧灌的傳承而到了日本，並且成為南都的六宗之一。

第五節 末法思想

陳朝慧思禪師的〈立誓願文〉開始，或者是由北魏的曇鸞，經隋之道綽，至唐之善導而大成的彌陀淨土的信仰，乃是末法思想之根源所在，更有隋代之際，信行所創三階教的盛行，以及房山石經的遺跡，均為末法思想的表徵。

第六節 三階教

首創三階教於相州（河南省安陽縣）法藏寺的信行（西元五四〇～五九四年），他以為作為末法眾生的罪惡凡夫，在心的深處，雖有惡的存在，