舉兵進擊本願寺。本願寺飛檄全國門徒告急，門徒結集，死守石山，信長大敗，僅以身免。

元龜二年，信長捲土重來，攻擊長島之門徒，又敗。第二年再攻，第三年三攻，結果也以媾和收場。但卻陰謀設伏於城外，門徒出城，皆遭屠殺，長島的一揆，即因而絕跡。

天正三年（西元一五七五年），信長轉向越前，進入加賀，又將越加一揆漸次平定。自長亨二年以來，一向一揆之亂，至此已近百年了。本願寺門徒與織田信長開戰，亦達十一年之久，始於天正八年，雙方成立媾和盟約。

時宗及融通念佛宗

時宗在一遍之後，分出五派：二世他阿的遊行派、淨阿的四條派、聖戒的六條派，作阿的市屋派、心阿的奧谷派。在二祖他阿門下，又分出三派：內阿的當麻派、解阿的解意派、王阿的御影堂派。到了第八世國阿之下，又開出靈山及國阿兩派。再加上由一向所開的一向派及天童派，共計十二派。但其各派宗義無甚出入，現在他們也不再自唱派名。本來是法水一味，同一源頭。今以蓮華寺、金蓮寺、無量光寺、正法寺，為其大本山。

此期間的融通念佛宗，由於良尊的出現（西元一二七九～一三四九年），一度中興。他對河內大念佛寺的復興，使得一度中衰的本宗，