故其雖出之於信仰,仍不違背科學的精神。以出家人而言,可舉兩個人做代表:一是太虛大師,一是現在的印順法師,他們對於佛教都做了系統化的研究。太虛大師以中國佛教為本位,綜合全體佛教;印順法師以印度佛教為本位,綜合全體佛教。他們兩位,同是站在學佛的立場,前者偏重於信解的疏導,後者則較重於思想史的整理。太虛大師遍讀近代的中西各家哲學書,訪問過日本及歐美各國,同時受到西藏佛教重方法重邏輯的影響。印順法師,雖未留學日本,他的基本思想也異於日本學者,但他早年讀過不少日本學者的佛學著作,故到他的晚年,所寫諸書的方法論,是採用日本的。

近代的日本佛教學者,所用的科學方法,是從歐洲來的,因在明治維新以後的日本,佛教不受重視,尤其政府的政策,對佛教極為不利,故其各宗,特別是淨土真宗,首先派遣優秀的青年僧侶到德、法、英等國去留學。當時的歐洲諸國,已有不少學者以科學的方法從事東方哲學、東方宗教學、東方語言學的研究而研究佛教,有了相當成績,這些日本青年學者學成回到國內以後,就開發了現代日本佛教學術研究的風氣,把研究佛學的工作帶進了大學的研究室,佛教本身也創辦了十數家合乎國際水準的大學。因為掌握到了科學的方法以後,研究的工作做來非常順利,現在已可從宗教的、歷史的、社會的、人類學的、