其中以蘭溪道隆、元庵普寧、無學祖元、大休正念、西澗子曇、一山一寧等人，最為有名，迄今猶被日本政府視為國寶的鎌倉建長禪寺，便是道隆禪師開創的，該地的圓覺寺則為祖元禪師所建。

另有一位中國禪師之名，在日本的民間更為響亮，那便是我國明末清初之間的隱元隆琦。他本為中國臨濟宗的法系，因為曾補黃檗山的法席，故於順治十一年（西元一六五三年）率弟子二十餘人東渡之後，受到江戶幕府禮敬，開創禪寺，仍以中國黃檗山福壽寺為其寺名，所以成了與榮西的臨濟宗、道元的曹洞宗，鼎足而三的日本第三禪系的黃檗宗。隱元東渡，也像其他華僧一樣，除了攜帶經像法物，也帶來工藝技術的傳授和中國土產的傳播，比如豆腐的製作法，便是受隱元之賜，另如豇豆、菜豆、扁豆，日本的命名，迄今仍叫作隱元豆或簡稱隱元。

如今，在日本民間的新年裡，尚盛行著一種叫作「達摩」的開運風俗，即是為達摩像點眼開目，同時發一個善願，據說相當靈驗，此一風俗，也是創自隱元派下的另一坐落於高琦地方的達摩寺。所以，今日的日本黃檗宗，雖僅有四百七十八座寺院，教師男女相加只有三百九十人，信徒十八萬人，是現在日本各宗派間勢孤力弱的一個小團體，但其卻為唯一由中國比丘所創的日本宗派。