自然地形成了神佛合一的思想，即是說日本的諸神均係菩薩及佛的化現，名目雖異，實則相同。此在佛教的主要根據，是《法華經．如來壽量品》的本迹二門說，及《大日經》的本地加持說，從佛的本地法身，化現各種身分，稱為垂迹。這樣一來，日本的各種祖神，均被加上了佛菩薩的頭銜（註二七），乃至江戶幕府時代的開創者，西元十七世紀時的德川家康，也被稱為東照大權現，意為大菩薩的化現者。佛教信仰與民族祖神結合的結果，佛教便成了日本民族不可分割的一種文化。

在中國早期的佛教徒們，也曾企圖以佛菩薩化現的觀念，來說服中國儒家及道家的信從者，比如出現得頗早的一部《清淨行法經》（註二八），即稱佛派了三位弟子到中國教化，其一為儒童菩薩名孔丘，二為光淨菩薩名顏淵，三為摩訶迦葉名老子。可是，在道教方面，旗鼓相當地，也有一部《老子化胡經》，說老子涉流沙，教化胡王，死後轉生為佛（註二九）。佛教未能以化現的思想說服中國人，反而被道教徒利用這一思想，說印度的佛原是老子轉生。以之與日本相比較，即可見出中國與日本，對於佛教而言，是兩個不同的環境了。

四、宗派與教團的不同

佛教在中國，雖有各種宗派的名稱，也曾有各宗派的寺院和僧侶，