他們稱為古京的六宗，均係由於研究範圍的所依不同的經論而做的區別，與中國佛教相似。到了西元八、九世紀之時，由最澄及空海(Ku Kai)留學中國，傳入了天臺宗及真言宗，便顯著地現出了日本佛教之異於中國佛教的現象。最澄雖是日本天臺宗的始祖，他在中國留學期間，卻接受了天臺、律、真言、禪的四宗。此為日本天臺宗之開展出天臺密宗的重大因素，最澄以為凡是中國的均應該學，所以學了四宗而集於他一身。其實在中國，這種情形是不曾有過的。另外，因他在中國受了菩薩戒，一回到日本，便把他先前在奈良東大寺受的小乘比丘戒捨掉（註三二），獨立門戶，倡建大乘圓頓菩薩戒壇，與奈良的舊佛教分庭抗禮。這一來，便形成了天臺宗的組織系統的教團。空海與最澄同時，也建立起真言宗的教團。此在氣勢上及型態上，均顯出了新佛教的特殊性格。

教團的體系完成之後，即有了排他性，為了護持自己的教團不受外力侵擾，各教團也擁有了防衛的兵力。到了西元十五世紀，即因各教團的武力相衝突，加上與各地方勢力相糾結，形成了許多次暴動事件（註三三）。以致到了西元十六世紀後期，天臺宗等幾個大宗派，所擁兵力竟可與各地分封領主的大名相頡頏，當時有一位叫作織田信長的大名，有志將割據的領主們統一起來，也把天臺宗的大本山──比叡山，當作攻略的對象，結果把該山攻克之後，