蕅益大師在印度大乘佛教的三個系統之中，討論到真如、如來藏的性宗及瑜伽唯識的相宗，卻未討論過龍樹、提婆的中觀。而他所討論的唯識，也不是正統法相宗的觀點，他沒有參考慈恩窺基大師的《唯識大疏》，並且使用天臺宗的著述方式，故特別加入「觀心釋」的一科。這個「心」不是唯識所講的八識心王的心，而是強調「萬法唯心」的心，用唯心來解釋唯識。所以他那本書的名字就叫作《成唯識論觀心法要》，他的目的不在於發揚唯識思想，已經非常清楚了。