則為仲猷祖闡、無逸克勤、道彝天倫、一庵一如等人。

到了明末清初，由於明室衰亡，滿清入關主政，基於民族意識以及兵亂不止，明末儒者如朱舜水等流亡日本，大量明末遺民，亦浮海赴日，著陸之處，即為明清時期日本對華交通的特別要港長崎，明人赴日，皆於長崎登陸，亦集中留置於長崎，明末僧侶亦隨著移民潮來到長崎，故有建立佛寺之必要，先建興福寺、次建福濟寺、後建崇福寺，合稱為長崎三大寺，基本而言，此三寺的建築，乃由中國的船主捐獻，亦從中國福建聘請僧侶前往住持。此後，廣州旅日華僑亦於長崎建寺，名為聖福寺，其開基住持鐵心和尚，祖籍亦為福建人士，直至隱元隆琦禪師，於京都宇治開創黃檗山，建立黃檗宗，寺名為「萬福寺」，乃為紀念福建的黃檗山萬福寺，是為飲水思源，以上五寺寺名，皆繫有一個「福」字，想必亦為出於飲水思源。

依據資料顯示，自清朝順治年間至康熙之末的七十年間，東渡日本的高僧，多達六十餘人，隱元隆琦，即是其中的大龍象，他是日本承應三年（西元一六五四年，即明末永曆八年，亦是清朝順治十一年）七月十五日抵達日本長崎，在這略前的順治八年（西元一六五一年），已有福建的道者超元禪師，到了長崎的崇福寺。及隱元東渡，則為日本佛教史上的一大盛事。也可以說，