此時的長安諸寺之中，以大興善寺最勝，兩京僧徒，一時也以修密法者居多。中國佛經的翻譯事業，也進了最後的一個高潮時期。大曆六年（西元七七一年），不空表進開元以來所譯經典七十七部一百零一卷及其目錄。大曆九年六月十六日，不空三藏捨壽於大興善寺，代宗聞之，廢朝三日，追贈「司空」，謚曰「大辨正廣智不空三藏和上」。於長安城南的少陵原火化後，勅建舍利塔於大興善寺院中。

唐末會昌五年（西元八四五年），武宗滅法後，大興善寺僅剩天王殿及大士閣，後經明代及清代，數度修整，清末以來，關中屢遭兵災，此寺一再遭到破壞。文革之前，寺中僅剩十餘僧眾。文革期間，禁止佛教，更遭毀壞，殘餘殿宇被佔用，僧侶或被迫還俗，或易服勞役，或被折磨而死。文革前，由寧波觀宗寺諦閑法師的學生，天臺學者朗照法師，擔任西安臥龍寺及大興善寺方丈，即死於文革期間；另有興教寺住持妙寬法師，乃因明及唯識學者，以及曾經留學法國的東北人慈雲法師，均在文革期間，憂憤逝於西安。動亂結束後，再度尋回原住的僧人時，僅餘慧雨、寬宗、永明、傳燈四名。目前，慧雨為方丈、源慧當維那、印善任知客。現任西安「佛協」會長的許立工，原亦當地僧人的才俊還俗者。