同時又受到許多日本禪僧的歡迎及參謁。例如：臨濟宗妙心寺的禪僧龍溪、禿翁、竺印等人，禮請隱元禪師到妙心寺，再轉往普門寺，後來也由於龍溪的關係，將隱元帶到江戶，也就是現在的東京，於西元一六五八年，面見了當時的實權者∣將軍德川家綱，而受到幕府的信賴。第二年返回京都，得到德川家綱以山城宇治的土地見賜，作為建設伽藍的寺基，到了西元

▲隱元禪師塔院前作者致敬。

一六六一年建寺完成，那就是萬福寺。從此該寺就和原有的臨濟、曹洞二宗並稱，而成為日本禪宗的第三大派。此後該寺的住持，直到第八代以後，還都是以中國歸化日本的僧侶擔任。