的興廢，寺基也有幾度的遷移。在北宋元豐年間（一〇七八－一〇八五年）該寺首度重建，由張無盡撰碑記。明太祖洪武年間（一三六八－一三九八年）是該寺規模最大的時代，附近的禪寺林立，有「三寺五廟四十八庵」之說。後又在清朝康熙年間重建，雍正十二年（一七三四年）再由皇帝撥款，頒圖改建，寺宇極為壯觀。寺後尚有凌雲亭和師表閣的遺蹟，據說是明朝的建築。現在寺內留下的古文物，只有師表閣的兩張椅子，陳列於該寺的客廳。它就像一般民舍的家具，是那種有著靠背的太師椅，在這兩張椅子靠背的正中央部分，分別浮雕了「師」、「表」兩個字，材料好像是柚木的，可以看出已是久經風霜了。達慈方丈和尚讓我試坐了一下，覺得非常堅固結實，這可能是該寺除了百丈塔之外，僅有的兩件古文物了。

在中國禪宗史上，馬祖道一門下開悟的人很多，各自弘化一方的弟子也不少，但對於後代禪宗制度的建立和修行生活的規範，成為漢傳佛教最大特色的，應該是從百丈懷海開始。馬祖之所以成為洪州宗的開創者，也和百丈有密切的關係，因為現在的奉新，距離當時的洪州（現在的南昌）不遠，懷海就是從馬祖的石門山來到百丈山，因此後人便把馬祖、百丈一系，黃檗希運、趙州從諗、臨濟義玄等，統稱為江西洪州宗。馬祖原籍四川漢州，百丈出生於福州長樂，