其中有宋朝的黃庭

▲覺寂塔。

堅、明朝的御史大夫李元陽等手跡；還有「山谷流泉摩岩石刻」；因為三祖寺又名山谷寺，現存題刻三百餘幅，包括唐朝的李翱、李德修，宋朝的蘇東坡、黃庭堅等，其中內容直接涉及三祖寺的共有六幅。

歷代曾任三祖寺住持的禪師並留有記錄者有十多人，在一九八一年以後，先後擔任三祖寺方丈的，則有覺開、恆願、寬康、宏行，直到現在的藏學。從一九八七年至一九九七年的十年之間，該寺先後修復和重建的殿堂，從大門開始的中軸線上，有三門殿、天王殿、大雄寶殿、