有司以瑞聞，乞置道場，制曰可，仍賜蓮花名，請僧匡護之。長壽壬辰（六九二年），陞為興教寺。神龍乙已（七〇五年），改額龍興。玄宗開元二十六年（七三八年），詔天下諸州，各建一寺，以紀年為名，有司復以應命，改額開元，歷五代十國而至宋。旁創支院，一百二十區，支離而不相屬。至元乙酉（一二八五年），僧錄劉鑑義，白于福建行省平章伯顏，奏請合支院為一寺，賜額大開元萬壽禪寺，明年延僧妙恩住持，為第一世。禪風遠播，衲子競集，復得契祖繼之，垂四十年，食常萬指。

此後幾百年間，該寺歷盡滄桑，興衰無常。元代天下饑饉頻仍，盜賊蜂起，該寺終歸荒廢，直到明太祖洪武三十年（一三九七年），釋正映奉皇上之命住持該寺後，才有了轉機。

正映大師住持開元寺，也有一大事因緣。正映大師是從小出家，洪武十九年（一三八六年）試經剃度，然後參訪靈谷謙禪師，才入門就開悟。後來因為泉州開元寺要找一位住持，就用抓鬮方式把正映抽選出來，明太祖下諭說：「如今做住持難，善則欺負你，惡則毀謗你，但清心潔已，長久欽此。」

正映到了該寺，開堂筵法之時，四方雲集。他先建法堂，再造甘露戒壇，