不數年間百廢俱興。之後在永樂元年（一四〇三年），正映又到雪峰崇聖寺當了方丈。明宣宗洪熙元年（一四二五年），皇帝下旨，又要他住持靈谷寺。可知正映是明初的一位大善知識。

到了隆慶及萬曆年間，開元寺再度頹廢，萬曆二十二年（一五九四年），又一度修復。到了崇禎年間（一六二八－一六四四年），殿堂還有十三座，支院有二十一座，當時所見該寺的東西兩塔，和現在相同；東塔建於南宋淳祐十年（一二五〇年），西塔建於南宋嘉熙元年（一二三七年）；東塔高四八‧二七公尺，西塔高四五‧○六公尺，都是用花崗石砌成的五層八角形寶塔。這兩座寶塔，以及甘露戒壇，同為開元寺現存的古老建築。

《開元寺志》的第二篇，收錄了唐中宗垂拱元年（六八五年）到明成祖永樂十八年（一四二〇年）之間的歷代僧侶事蹟，名為《開士志》，從最早的一位住持匡護和尚，到最後一位本源和尚，有名可稽的不下數十人。唯與該寺相關的僧侶，多半未被禪宗的各種「燈錄」以及宋明的「高僧傳」所收，他們之中，也有好多位是相當傑出的，並且留有若干語錄文辭。至於在永樂之後，該寺究竟還有多少重要的僧侶，不得而知。此後直到民國時代，才從弘一大師和太虛大師等的資料中，看到有關該寺的若干紀錄。除了廣義法師擔任過該寺方丈，