到了清朝康熙二十二年（一六八三年），由靖海將軍施琅重建。因該寺以奉祀觀音為主，又在佛教四大名山之一的普陀山之南，故稱「南普陀寺」。

這座寺院，在清末至民初時期，是屬於臨濟宗喝雲派，為師徒世襲制的小廟，寺規並不完善，也不容易培養出人才。所謂喝雲派，是臨濟宗在福建省的漳州分衍出的五個門派之一，其它的還有：潛雲、錦雲、白雲、法雲等。喝雲派中，現在知道的共有八個字，成為八代，那就是「佛、喜、轉、瑞、廣、傳、道、法」。

民國初年，該寺出了一位有卓見的轉逢法師，他曾到江、浙兩省，參學了二十年。在天童寺受戒，同時也在天童的禪堂擔任維那，親近號為八指頭陀的敬安寄禪長老，而當時年輕的太虛大師也在天童寺，所以轉逢與太虛，算是同門同參。一九一八年轉逢被請回廈門，住持南普陀寺。他除了先後改建和增建大雄寶殿、鐘鼓樓，以及其他殿堂外，並禮請性願法師在該寺創辦佛學社，為住眾講授佛經。接著他也把該寺由子孫世襲制，改為十方選賢的道場。

一九二四年即依新的寺規，選舉會泉法師為該寺首任十方制的方丈，在寺內創辦了閩南佛學院，由方丈兼任院長；並聘請上海華嚴大學畢業的常惺法師為副院長兼教務主任。第一屆招生七十四名，於一九二五年秋季開學上課，