到一九二七年會泉法師三年方丈任期屆滿，就和轉逢長老商量繼任住持的人選。期間常惶法師推舉太虛大師，因此太虛大師成了該寺第二及第三兩任的方丈，兼任閩南佛學院院長。而轉逢長老又被太虛大師聘為都監，襄助該寺的寺務，直到一九三二年為止。

有關太虛大師跟南普陀的因緣，可從他的年譜看到。從民國十六年（一九二七年）開始，那時的太虛大師才三十九歲，就和轉逢、常惶、轉岸三師從上海到了廈門。當他就任方丈之後，向閩院的員生講了「行為學與唯根論及唯生論」，是那年四月間的事。到了九月，他主持了閩院秋季的開學典禮，同時也對員生講了一篇

▲南普陀寺禪堂內景。