到了唐中宗神龍元年（七〇五年），敕改此寺名為「中興寺」。神龍三年（七〇七年）敕賜「法泉寺」額。唐玄宗先天元年（七一三年）八月，惠能大師圓寂於新州的國恩寺，十一月全身歸葬於南華寺。唐憲宗元和十年（八一五年），諡六祖為「大鑑禪師」，並號六祖之塔為「靈照塔」。直到北宋太祖開寶年間（九六八- 九七五年），才將該寺的名稱改為「南華寺」。

明神宗萬曆二十四年（一五九六年），當憨山大師訪問該寺，禮六祖塔時，見到寺宇已經凋敝不堪。就在萬曆二十八年，再度入山，驅遣三門內的商店，建立清規。到萬曆三十年重修祖殿，拓建禪堂，曹溪祖庭，因此而復興。在明熹宗天啟二年（一六二二年），憨山德清即圓寂於此。

之後經過三百一十二年，到民國二十三年（一九三四年）時，南華寺又是如虛雲老和尚所見：「殿宇已傾，房屋破壞，只得蓋撘葵篷竹屋以住眾」了。《虛雲和尚年譜》中，另有一段記述當時虛雲老和尚初至南華寺所見的狀況，可謂怵目驚心，玆錄於下：

雲至曹溪，房分只有五家，其數，不上十人，不居寺內，各攜家眷，住於村莊耕植牧畜，無殊俗類。其祖殿香燈僧，歸鄉人派管。