ことに禅宗と天台宗の学者は、法嗣伝承のことを非常に重視して論争している。

たとえば、費隠通容（一五九三ー一六六一）の『五燈厳統』の凡例には、当時禅宗宗匠の嗣承法系を厳しく追究して、曹洞宗の寿昌無明慧経（一五四八ー一六一八）と雲門湛然円澄（一五六一ー一六二六）の嗣承を否認し、これに関連して慧経の法嗣である博山無異元来（一五七五ー一六三〇）および鼓山永覚元賢（一五七八ー一六五七）の法統をも否定している(1)。

また性統の『続燈正統』(2)（一六九七年編成）には、慧経と円澄を曹洞宗の正統伝承に取り入れたが、徧融真円（一五〇六ー一五八四）・雲棲祩宏（一五三五ー一六一五）・達観真可（一五四三ー一六〇三）・憨山徳清（一五四六ー一六二三）・聞谷広印（一五六六ー一六三六）・無念深有等の高僧を、「未詳法嗣」の篇に収めており、通問（一六〇四ー一六五五）が編定した『続燈存稿』(3)も、『続燈正統』と同様な取り扱いをしている。

かように、法門正統の伝承問題に関する論争において、明末の四大師は無視するというより、むしろ反対の態度をとった。とくに智旭の場合は、彼の「復銭牧斎」の書簡に、「済・雲闘諍、不啻小児戯」(4)と言って、禅宗の正統法嗣に関する論争は、実に無駄なことであると見ている。さらに彼は「儒釈宗伝竊議」に、禅宗の人物を数える中で、達観真可と無明慧経を挙げているが(5)、当時に雄視の禅宗の代表者、密雲円悟（一五六六ー一六四二）を無視した。さらに智旭の私淑した人または参謁した人(6)を考察すると、雲棲祩宏・紫柏真可・憨山徳清・博山元来・聞谷広印・無尽伝燈など、すべて『五燈厳統』の法嗣否定の人が多い。いわば明末仏教の一つの特徴は、法嗣伝承に対する反対思潮の運動がその萌芽を示した点にあり、智旭はこの運動の最も有力な推進者であったと言うべきであろう。彼には「儒釈宗伝竊議」を著わす前に、すでに「法派称呼辯」(7)という論文がある。