本論以「法」為「眾生心」，法是大乘法，眾生心即是如來藏；換言之，如來藏便是大乘法。眾生心含攝一切法，故名「一心」，由此一心向清淨界、光明界、悟界看，便是真如門；由此一心向雜染界、無明界、迷界看，便是生滅門。真如門是自性清淨心，生滅門是雜染虛妄心；由無明而有虛妄生滅，由虛妄生滅的現實而修習向上，即可至究竟的果位，稱為一心法界。這一心法界在本體、功能、作用的三方面，即稱為三大：1.體大（本體），即是不生、不滅、不垢、不減的真如實性。2.相大（功能），即是真如含有無限的德相。3.用大（作用），即是能生世出世間之無漏有漏的一切善法。

一心、二門、三大，乃是《大乘起信論》的綱骨。

真如，是古人對於宇宙本體的命名，它是遠離了一切妄念後的實在心，一切法無不是真如。本論對於真如的界別，分有離言真如及依言真如、空真如及不空真如，著眼點是在不空真如之含攝無量功德，那就是常樂我淨的一心，也是我們修學佛法的目標。但此一心，眾生本具，悟時即可見此自性清淨的真如心了。

生滅，是由眾生心開展出來的現象界，它與真如對立，稱清淨的如來藏為真如，呼「不生滅」及「生滅和合」的最初狀態為阿黎耶識（新譯為阿賴耶識）。因了阿黎耶識而有無明，因了根本無明而有枝末無明，