進入南宋時代之後，在湖州的思溪以及平江府的磧砂地方，也出版了《大藏經》。思溪藏，分有《圓覺禪院大藏經目錄》和《法寶資福禪寺大藏經目錄》兩種，故也像福州版一樣，有二藏併存的現象；不過，湖州圓覺禪院，乃係安吉州法寶資福禪寺的改名，所以，後者只是將前者的雕版，作了追加增補而已。前者稱為前思溪藏，改名後的便名之為後思溪藏。再說平江府磧砂延聖禪院《大藏經》的出版，乃因鑑於湖州圓覺禪院的印經活動，不如理想，故將前思溪藏，加以覆刊，但其大功未成，南宋已亡，到了元朝，始見完成。至於法寶資福寺後思溪藏，遭遇了元軍的兵災，故於南宋滅亡的同時，毀之於火；但是，元朝白雲宗的南山普寧寺《大藏經》，便是後思溪藏的覆刻。

在此，要附帶說明的，北宋的勅版《大藏經》，以及依照它覆刻的高麗版等，均為每行十四字的卷子本；在江南，於北宋之末，在福州開版的兩種《大藏經》，前後兩種思溪版，還有磧砂版，都是每行十七字的折帖本。江南的私版《大藏經》，由北宋至南宋，繼續著印經的活動，不用說是流通於國內，並且傳播到了外國，由於宋日之間的貿易往返，也將印好的藏經，舶載到了日本，至今尚有日本的名山古剎，保有著這些傳世的珍品。

在中國佛教界，雖然早在唐代即有了欽定《大藏經》的成立，然於《大藏經》