但在無上瑜伽之經中，說到不護三昧耶及灌頂下劣、不了真實性的三種人，雖行修習，不論如何亦無成就。4.成熟根器的生起次第。5.悉地解脫的圓滿次第，這個圓滿次第，主要是以無上瑜伽的時輪、密集等諸法為指歸。

在密乘思想方面，宗喀巴與阿底峽也有不同之處，例如阿底峽以無上瑜伽的最極究竟是「勝樂」，宗喀巴則以「時輪」為最尊；又如阿底峽分析密典為七類，宗喀巴則約之為四部──作、修、瑜伽、無上瑜伽。此乃由於宗喀巴採納了後起如布頓大師等的新說，而加以改革完成的。

從各方面說，宗喀巴都是一位偉大的僧寶，故從明朝以來，五、六百年間，西藏的學者，雖以派別不同而致研學的方便容或有異；但對宗喀巴的學說，以其組織完滿，超越古今，故欲推論正宗，便捨此莫屬。

宗喀巴學風的特色

以宗喀巴的學說，和漢文中國的佛學來比較，他至少有兩點特色：

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  備具印度晚期大乘之風範而極重於實踐：印度的大乘初期，例如龍樹、無著，類皆銜接小乘毘曇的學風，對於法門的辨析，往往不厭繁博，故於修學的要領，有待後人來做剪裁的工作。因此，其後的學者著述，多做要約的組合，例如《四百論》是為《中觀論》作的，《攝大乘論》及《顯揚聖教論》是為《瑜伽師地論》作的，但尚未能臻於簡要。到了寂天的《入菩薩行論》等典籍，就不同了，刪繁垂淨，貞實僅存，資於修行，簡當無比。其後對此風尚，頗為熾盛，乃至僅從師說，教授要訣，不復取乎繁詞。例如覺賢的《禪定資糧品》即如此說：「隨應能使心得定者，即此為適諮詢教師而加修習，此不必於七種量論、四類記論、七部毘曇、瑜伽五地等相而為作意也。」至於觀法的修持，也是取其最簡要而易入的，所以龍樹的四邊遮遣生法無自性之宗義，特見獨盛。此種求簡之風，由阿底峽傳入西藏，至宗喀巴而益發揚，他闡述月稱之學，對於清辨的縱橫辨難及唯識的嚴密組織，均不採取，原因即在此一求簡當而易實踐的學風使然。以之比起中國內地佛教的註疏演繹，捨本逐末者流，實在更加可取。
  
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  即以實踐為原則而於諸家學說加以抉擇組織：印度的大乘，自《瑜伽師地論》的〈菩薩地〉之後，即已有了組織儼然的菩薩學，然其條理尚嫌繁複；到了寂天，以六度為綱，綸貫經論，完成了他的《集菩薩學論》一書，始見簡要。至阿底峽，即是汲其餘流而造《菩提道燈論》，復本其意趣而取捨諸家，完全以當於修習者為依準，因此，即以實踐為目的而組織成其獨家之言，蔚為一時的學風，同時也由他將此學風帶進了西藏，更加發揮。故到宗喀巴出世，即以瑜伽學為廣行，以中觀學為深觀，綜合龍樹、無著兩大家，渾然為一大乘之學，是以實際顯現，非託空言，以此學風而論修學佛法，的確非常的恰當。
  

太虛大師對於宗喀巴的《菩提道次第論》，也是推崇不已，例如他說：「而借觀西藏四、五百年來之黃衣士風教，獨能卓然安住，內充外弘，遐被康、青、藏、滿而不匱，為之勝緣者雖非一；而此（《菩提道次第》）論，力闡上士道必經中下士道，俾趣密之士，亦須取一切經律論所詮戒定慧遍為教授，實為主要原因。」又說宗喀巴：「雖未嘗不別有最勝之歸趣，而確定皆攝入次第之過程。於是不沒自宗，不離餘法，而巧能安立一切言教，皆趣修證。」（《太虛大師全書．文叢》七七八—七七九頁）此一下中上三士道的思想，與太虛大師所倡因緣生法為五乘共法、三法印為三乘共法、諸法實相至無礙法界為大乘不共法之說相近。但在太虛大師，猶謙稱他是「粗引端緒，語焉不詳」。故當他讀了《廣論》的漢譯本，見到三士道的總建立時，頗為欣悅。

不過，藏土佛學也有不足之處，例如漢譯的龍樹《大智度論》及《十住毘婆沙論》，皆於戒學有所發明，但卻不傳於西藏，所以藏土在大乘戒學方面，僅知〈菩薩地〉及寂天之書而已。又如無著的《顯揚聖教論》，乃為闡發現觀瑜伽的根本典籍，亦未傳於西藏，以致藏土的觀法，獨尊中觀，唯識家言全遭摒棄。