於是鬧成真偽兩個達賴的局面。此事為第巴桑節所勾結的西蒙古準噶爾部不滿，故到康熙五十五年（西元一七一六年），拉藏汗又為準噶爾部的策旺阿拉布坦襲殺，復以拉藏汗所立的六世達賴為偽，故在青海的藏族中另立羅布格桑嘉穆錯，在青海坐床。結果是以第巴桑節所立者為六世，青海所立者則於清軍打敗準噶爾部之後，在康熙五十九年（西元一七二〇年）於拉薩正式坐床為第七世，有的記載仍以此為第六世。

此一亂事平定之後，即以拉藏汗的貝子康濟鼐掌前藏，臺吉頗羅鼐掌後藏。清世宗雍正帝即位後，捨其潛邸為喇嘛寺，即是北京的雍和宮，表示其對西藏佛教的尊崇。及雍正二年（西元一七二四年），康濟鼐遇害，清廷平亂之軍尚未到達，亂事已為頗羅鼐平定，因其有功，被封為郡王，總理前後藏事，清廷遂留正副大臣二人領川陝兵二千人駐藏，此為設置駐藏大臣之始，亦為西藏正式成為中國領土的完成。

至清高宗乾隆十二年（西元一七四七年），頗羅鼐卒，其子朱爾默特繼位，竟於乾隆十五年（西元一七五〇年）欲藉準噶爾部之助而謀叛亂，結果為清廷駐藏大臣傅清等所殺，傅清等亦死於朱黨之手，清廷乃命四川總督策楞，率兵入藏討平。從此清廷的對藏政策一變，不再頒賜汗、王、貝勒、臺吉等的封號；改設四噶布倫以分掌藏政，而由達賴總理全局。於是，政教合一制，又告恢復。