阿底峽將菩薩的正行,分顯密二門:以顯教的般若乘為其因,以密教的無上瑜伽乘為其果,因果之間則以發菩提心來連貫通透。其間的階次,先是顯密共行,以三皈三學為基礎。由戒得定,由定發生通慧而得以產生利他之行;然後智慧與方便雙運,也就是發大勇猛心,推展自他兼濟而重於利他的指導及行動的菩薩正行。由於悲智雙運,來積集福慧的資糧,再加上密乘的不共修行,便可速疾圓滿而證等正覺,是為菩薩行的圓滿究竟。
三皈的要義
阿底峽以三皈是進入解脫大城的要門,是發菩提心的所依。根據「普賢行願」所說,應對三寶供養財物,乃至成佛登菩提座,皆當以不退轉心七行供養;並且以決然之心三度皈命三寶而成其皈依。
依此三皈為根本,對諸有情眾生,發起大悲之心,審視考察在生死流轉中的各類眾生,他們所造的苦因為何?所受的苦果又為何?瞭解之後,再施予方便救拔,使他們解脫生死之苦,並使他們也能發起「無倒」的菩提之心。