經典被焚毀，內道場的持念僧，悉數放歸各自的本寺，內道場改置元始天尊老君之像。且以道士誣控「黑衣將奪唐朝天下」之說，武宗即厭惡僧尼，起初將僧尼囚禁於寺內，繼而勅廢天下一切僧尼，沒收寺產，以寺院之銅像、鐘磬鑄錢，鐵像法器製成農具，貴金屬以及玉器法物，沒入官庫，並令士庶家庭所有金、銀、銅、鐵等像，限於一個月內，繳入官庫，違者重罰。因之而返俗僧尼有二十六萬五百人，毀寺四千六百餘所；連帶著印度僧寶月、難陀，日本僧圓仁、圓載，也逼令他們返了俗。

際此武宗滅佛之時，宮廷的密教，固被摧毀殆盡，五臺山的密寺諸僧（註二〇），多向他處逃亡。雖然，會昌六年，武宗崩，宣宗即位之後，馬上解除毀佛之令，並於大中二年（西元八四八年）（註二一），勅於東都、荊、揚、汴、盆等諸州建寺，僧尼重受戒法，且於五臺山重建五寺，各度僧人五十。可是復興的工作，相當不易，故於大中七年，日僧智證大師圓珍入唐之世，僅見法全、造玄等人，苟延殘喘地維持著密教的門面而已。到咸通三年（西元八六二年），日僧真如親王（註二二）入唐之際，自明州登陸，遍訪名師，費時三年，抵達長安，他未見到密教的名師，也未見到大規模的佛寺，故而嘆曰：「佛寺之大者，不出日本的東大寺；若訪名師，只有日本之空海。」（註二三）