以及契環等，在該寺弘揚法眼一派禪風。到了北宋中葉，就有佛印了元禪師（一〇三二－一〇九八年）來此主持法席，住僧五百餘人，可見此時又是一個盛世。佛印十九歲就得法於廬山開先寺的暹禪師，後來擔任九江承天寺住持，及江蘇鎮江金山寺住持。他和蘇東坡交往的故事膾炙人口，很少人曉得他也曾經擔任過江西雲居山真如寺的住持。

後來住持該寺的，主要是臨濟宗人，例如克勤圜悟禪師、高庵善悟禪師、法如禪師等人。但到明末時候，紫柏達觀真可禪師來遊此處時，已是凋零不堪。他在慨歎之餘，做了一首詩，玆錄如下：

千尺盤桓到上方，雲居蕭索實堪傷。
趙州關外秋風冷，佛印橋頭夜月涼。
唐宋碑題文字古，蘇黃翰墨蘚苔蒼。
最憐清淨金仙地，還作豪門放牧場。


當時北京萬佛堂的住持，即四十三歲的諸緣洪斷和尚，他從紫柏大師那兒得悉臨濟祖庭已為放牧之場，便毅然南下，意圖復興。