事為明神宗之母慈聖太后所悉，便於萬曆二十四年（一五九六年）遣使來山，賜紫衣等法物，以及施捨內帑，鑄造盧舍那佛銅像，更頒《大藏經》全部六百七十八函。後又於萬曆三十七年（一六〇九年）從江蘇寶華山，恭請慧云古心律師來到雲居山，弘演毗尼，傳戒講律。

洪斷和尚中興雲居近二十年，期間經過六次大難，他曾以一首詩，記載了他的艱難困苦，茲錄如下：

誅茆劈棘構禪棲，首尾相將十載餘。
病骨扶笻程萬里，柔腸結屋幾千回。
披雲躡磴穿峰頂，破浪中流墮石磯。
三自輕生生不泯，殷勤留與後賢知。


明崇禎十年（一六三七年），洪斷離開雲居，禮請顓愚觀衡禪師來此住持七年，後又請到晦山戒顯願雲禪師住持雲居。戒顯禪師是江蘇太倉人，俗名王瀚，自稱是明末遺民。陳垣《中國佛教史籍概論》卷六收有他的資料，其中有一首詩，名為〈詠雲居〉，玆錄如下：