「救僧運動」。他強調住持佛教，必須有出家的真僧，所論救僧之道，積極則：「真修實證以成果」，「捨身利眾以成行」，「勤學明理以傳教」。消極則：「自營生計以離譏」，「嚴擇出家以清源」，「寬許還俗以除偽」。另一篇「帝制於神、民制於佛之根據」，亦於此時期講出。

民國十七年冬，閩南佛學院發生學潮，寺務、院務均瀕於停頓。太虛大師命大醒、芝峰前往整頓。到民國十八年，太虛大師又在閩南佛學院講《瑜伽師地論真實義品》，以及「中國學僧現時應取之態度」。民國十九年，他在那裡先後講了「大乘位與大乘各宗」、「佛學之宗旨及目的」、「僧教育要建立在律儀之上」、「西洋哲學與印度哲學概觀」。這段時間，他對於佛教的僧團制度也提出了「建設現代中國僧制大綱」，簡稱「建僧大綱」，雖然沒有成功，但是他對佛教的希望，在此階段展露無遺。

太虛大師把閩南佛學院的研究部，分為法相唯識、法性般若、小乘俱舍、中國佛學、融通應用等五系。民國二十年，太虛大師在閩南佛學院開講「大乘宗地圖」，又為學僧講「學僧修學綱要」，他以立志的標準、為學的宗旨、院眾的和合、環境的適應等四點為訓。民國二十一年，大師在閩院開示「現代僧教育的危亡與佛教的前途」，極力反對培養一群文士型的法師，他勉勵學僧：